El Niño, dat ‘jongetje’ betekent, houdt verband met een ander weersverschijnsel: La Niña, ofwel ‘meisje’. Het zijn twee extremen van een natuurlijke weercyclus in de tropische Stille Oceaan. Tijdens een El Niño-jaar wordt de zee 2 à 3 ºC warmer dan normaal bij de westkust van Zuid-Amerika, terwijl hij in een La Niña-jaar koeler is.
Normaal blazen zogeheten passaatwinden constant warm oppervlaktewater van oost naar west langs de evenaar. ‘Passaat’ betekent overtocht, en schepen hebben dan ook een goede vaart tijdens dit windstelsel, dat de reistijd van oost naar west verkort.
Dankzij de passaatwinden stijgt koud bodemwater op bij de westkust van Zuid-Amerika, terwijl het warme oppervlaktewater tot regens in Indonesië leidt. Door die regen stijgen luchtmassa’s op in de atmosfeer, wat de passaatwinden op gang houdt.
Maar gemiddeld eens in de vier jaar nemen de passaatwinden af, en zonder druk daarvan stroomt het warme oppervlaktewater gewoon terug naar Zuid-Amerika, wat leidt tot een zogeheten El Niño-jaar.