A ls je je ooit alleen voelt, bedenk dan dat er meer dan 100 biljoen bacteriën in je darmen zwermen, en dat ze je eigen cellen ruimschoots in aantal overstijgen. De darmbacteriën tellen meer dan 1000 soorten en dragen met ongeveer een kilo bij aan je gewicht. Daarmee is het menselijke darmstelsel een van de meest complexe, soortenrijke ecosystemen in de hele natuur.
Net zoals een ecosysteem van een bos in ondertypen uiteenvalt, blijkt dat de menselijke darmflora drie varianten kent. En ondanks de grote individuele verschillen zijn er drie hoofdtypen.
Deze nieuwe kennis is gepubliceerd in 2011 door een groot internationaal onderzoeksteam onder leiding van Peer Bork van European Molecular Biology Laboratory in Heidelberg, Duitsland, en Dusko Ehrlich van Institut National de la Recherche Agronomique in het Franse Jouy-en-Josas.
Bijna alle darmbacteriën bekend
Met zeer geavanceerde technieken is het de wetenschappers gelukt om bijna alle darmbacteriën te identificeren van de 22 Deense, Spaanse, Italiaanse en Franse proefpersonen die faecesmonsters hadden ingeleverd.
De klassieke methode om soorten bacteriën te bepalen, is ze te kweken in culturen in het laboratorium. Maar dat is een zeer onbetrouwbare manier, want zo vind je alleen de bacteriën die je de juiste groeiomstandigheden aanbiedt. Daarom probeerde het onderzoeksteam nu iets anders: het maakte gebruik van de flinke vorderingen die de laatste jaren geboekt zijn met DNA-sequentietechnieken.
DNA in uitwerpselen onderzocht
Uit alle 22 monsters van uitwerpselen wonnen de onderzoekers al het DNA dat afstamde van de min of meer afgebroken bacteriën van de darmflora. En van alle DNA-stukken van elk monster werd de sequentie bepaald.
Deze sequentie en die van 11 Japanse uitwerpselenmonsters werden nu vergeleken met openbaar toegankelijke databases met sequenties van meer dan 1500 verschillende bacteriën.
Zo kon 80 procent van alle DNA-stukken worden herkend en benoemd, en aan een bepaald bacteriegeslacht gekoppeld worden – zoals de ziekteverwekkende Streptococcus – of aan een hoofdgroep – bijvoorbeeld Firmicutes, die onder meer veel melkzuurbacteriën omvat.
Dankzij deze werkwijze wist het internationale onderzoeksteam bijna alle bacteriën van de darmflora van in totaal 33 proefpersonen te identificeren. En al zagen de 33 darmflora’s er heel verschillend uit, de omvangrijke statistische onderzoeken en geslachtsanalyses wezen uit dat er ook grote overeenkomsten waren.